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除了上述三项主要功能外，还经常有许多外界不可控因素的干扰，使系统运行偏离原计划内容。这些不可控因素可能是的、国内的、政治的、经济的、技术上的和法令、风俗惯等的制约，这是很难预计控制的。它对物流系统的影响很大，如果物流系统具有强的应变适应能力，遇到这种情况，马上能提出改进意见，变换策略，那么，这样的系统具有强的生命力。如 1956－1967年苏伊士运河封闭，直接影响货物的外运。这是事先不可能预见的，是因受到外界政治因素的严重干扰的结果。当时日本的对外贸易商品运输，正是因此而受到严重威胁，如果将货物绕道好望角或巴拿马运河运往欧洲，则航线增长、时间过长、经济效益太差。为此，日本试行利用北美横贯大陆的铁路线运输，取得良好效果，于是大陆桥运输得名于此。这说明当时日本的物流系统设计，面对外部环境扰，采取了积措施，使系统具有新的生命力。
运输配送是指将货品从供应商处运往需求者处。这大约占物流成本的60％。运输也称为一次输送，指长距离大量运输（指从A点运往B点）。配送也称为二次输送，指短距离少量运输（从A地点运往多个地方）。在全球化的当代社会，主要采用卡车、船舶、飞机、铁路等四种方式运输。现在，货车运输量约为国内的90％，每年大约运输50亿吨的货物。
物流系统输入部分的内容有:备货，货源落实；到，接到买方开来的信用；到船，买方派来船舶；编制出口货物运输计划；其他物流信息。输出部分内容有:商品实体从卖方经由运输过程送达买方手中；交齐备项出口单；结算、收汇；提供各种物流服务；经济活动分析及理赔、索赔。物流系统的转换部分包括:商品出口前的加工整理；包装、标签；储存；运输（国内、段）；商品进港、装船；制单、交单；报关、报验；以及现代管理方法、手段和现代物流设施的介入。
物流信息系统的分类按物流信息系统的功能分类:事物处理信息系统、办公自动化系统、管理信息系统、决策支持系统、高层支持系统、企业间信息系统。按管理决策的层次分类:可分为物流作业管理系统、物流协调控制系统、物流决策支持系统。按系统的应用对象分类:面向制造企业的物流管理信息系统、面向零售商、中间商、供应商的物流管理信息系统、面向物流企业的物流管理信息系统(3PLMIS) 、面向第三方物流企业的物流信息系统。按系统采用的技术分类:单机系统、内部网络系统、与合作伙伴、客户互联的系统。